Joshua Jackson wollte schon als Siebenjähriger Schauspieler werden und nervte seine Mutter, eine Casting-Direktorin, ihn einmal zum Film-Casting gehen zu lassen. Mehr um ihren Sohn abzuschrecken, nahm sie ihn schließlich zu einem Casting mit, doch Joshua Jackson bekam die Rolle in einem Kartoffelchips-Werbespot tatsächlich und ließ sich von seinem Traum, Schauspieler zu werden, von diesem Zeitpunkt an nicht mehr abbringen. Und der Kanadier sollte Recht behalten. In den 1990er Jahren wurde Joshua Jackson für zahlreiche erfolgreiche Teenie-Filme wie "Mighty Ducks" oder "Der Musterschüler" gebucht.
Den großen Durchbruch schaffte der Schauspieler schließlich 1998 durch seine Hauptrolle in der Erfolgsserie "Dawson's Creek", in der er als Pacey Witter an der Seite von Katie Holmes, mit der er während der Dreharbeiten sogar einige Monate zusammen war, und James van der Beek von sich reden machte. 1999 folgte auf dem Steckbrief von Joshua Jackson eine Rolle im Kult-Teenie-Film "Eiskalte Engel", mit der der kanadische Schauspieler einem breiten Publikum bekannt wurde. Nach dem Ende von "Dawson's Creek" 2003 emanzipierte sich der Schauspieler schließlich von seinem Serien-Image und zeigte sich als seriöser Charakterdarsteller zum Beispiel in dem Horrorfilm "Shutter – Sie sehen dich".
Seit 2008 gehört Joshua Jackson als junger, wissenschaftlicher Experte Peter Bishop zur Stammbesetzung der Mystery-Serie "Fringe – Grenzfälle des FBI", in der er gegen übernatürliche Phänomene in einem Parallel-Universum kämpft.
Seit 2006 ist Joshua Jackson mit der deutschen Schauspielerin Diane Kruger liiert.